ในการเลือกตั้งปี พ.ศ. 2548 พ.อ.เฟื่องวิชชุ์ ได้ลงรับสมัครเลือกตั้งเป็น ส.ส. ในสังกัดพรรคประชาธิปัตย์ ในเขต 11 กรุงเทพมหานคร ซึ่งประกอบด้วยเขตดินแดงอย่างกระทันหัน แทนที่ ส.ส. เก่าคือ นายพีระพันธุ์ สาลีรัฐวิภาค ที่ย้ายไปลงในระบบบัญชีรายชื่อแทน โดย พ.อ.เฟื่องวิชชุ์ ต้องเผชิญกับคู่แข่งคนสำคัญจากพรรคไทยรักไทยคือ นายยุรนันท์ ภมรมนตรี ผลการเลือกตั้ง นายยุรนันท์ได้รับการเลือกตั้งด้วยคะแนนที่ห่างจาก พ.อ.เฟื่องวิชชุ์ พอสมควร (นายยุรนันท์ได้ 40,176 คะแนน พ.อ.เฟื่องวิชชุ์ได้ 30,497 คะแนน)

พ.อ.เฟื่องวิชชุ์ มีตำแหน่งเป็นเลขานุการ นายพีระพันธุ์ สาลีรัฐวิภาค รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในสมัยรัฐบาลที่มีนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ เป็นนายกรัฐมนตรี[1]

ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 83 สังกัดพรรคประชาธิปัตย์[2] แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง